O, 10 fevral 1966-cı ildə Qərbi Azərbaycanda Kalinino rayonu Evli kəndində anadan olub. 1983-cu ildə Bakı şəhəri 5 saylı kimya-biologiya təmayüllü internat məktəbini bitirib. Həmin il N.Nərimanov adına Tibb İnstitutuna daxil olub, 1989-cu ildə institutu fərqlənmə diplomu ilə bitirib.

H.Mustafayev 1989-1990-cı illərdə Akademik Mir-Qasımov adına Respublika Klinik Xəstəxanasında interna-həkim olaraq çalışıb.1990-cı ildə Sumqayıt şəhər 1 saylı Doğum evində həkim anestezioloq-reanimatoloq işləyib, 1995-2000-ci illərdə Anesteziologiya-reanimasiya şöbəsinin müdiri kimi fəaliyyət göstərib. O, 2001-2010-cu illərdə Respublika Doğum Evində Anesteziologiya-reanimasya şöbəsinin müdiri, 2010-cu ildən isə Respublika Perinatal Mərkəzində Anesteziologiya-reanimasiya və intensiv terapiya şöbəsinin müdiri vəzifəsində çalışır.