Mirzə Əbdülxalıq Axundov 13 dekabr 1863-cü ildə Bakıda anadan olub. Əvvəlcə özəl məktəbdə, daha sonra mədrəsədə təhsil alıb. 1877–1884-cü illərdə Bakı real (edadi) məktəbində təhsilini davam etdirib. Hələ gənc yaşlarından ərəb, fars və rus dillərini öyrənib, 1888-ci ildə Almaniyadakı Erlangen Universitetinin Tibb fakültəsində göz xəstəliklərinə dair yazdığı əsərini magistr elmi dərəcəsi almaq üçün müdafiə edib. Əsər iki il sonra ayrıca kitab şəklində nəşr olunub.

 

O, göz bəbəyinin klinik tədqiqi sahəsində tanınmış mütəxəssis olub, Azərbaycanda tibb tarixinin araşdırılmasının təməlini qoyub. Mirzə Əbdülxalıq Axundovun Şərq və Qərb əczaçılığına dair tərcümə etdiyi və geniş şərh yazdığı əsərlərdən uzun illər rus və Avropa farmakoloqları faydalanıblar. 

 

Mirzə Əbdülxalıq Axundov X əsr əczaçısı Əbu Mənsur Hərəvinin əsərini ərəb dilindən alman dilinə tərcümə edib. Əsərdəki 446 bitki və 44 heyvan bədənindən hasil olan dərman preparatı haqqında elmi izah yazıb. Həmçinin orta əsr istilahlarının müasir elmi şərhini verib. Əsər 1893-cü ildə Derptdə Farmakologiya Tədqiqatları Tarixi İnstitutunun əsərlərində, həm də ayrıca kitab şəklində Halle şəhərində nəşr edilib. Bu işinə görə Derpt Universitetinin Tibb fakültəsi Mirzə Əbdülxalıq Axundova tibb elmləri doktoru elmi dərəcəsi verib.

 

O, XIX əsrin sonlarında Bakıya dönərək ilk göz xəstəlikləri məntəqəsini açıb. Eləcə də həkim Məmmədrza Vəkilovla birgə Azərbaycanda ilk ruhi xəstəliklər müəlicəxanasının yaradıcılarından olub. Alim 24 aprel 1892-ci ildə açılan xəstəxanada 1903-cü ilədək işləyib, 1895-ci ildə Məmmədrza Vəkilov və Kərim bəy Mehmandarov ilə birgə Bakı Tibb Cəmiyyətini təsis edib.

 

Mirzə Əbdülxalıq Axundov 20-ci əsrin əvvəllərində Bakıda vəba və cüzam xəstəlikləri ilə mübarizə aparıb, vəbaya qarşı mübarizədə göstərdiyi qeyri-adi fədakarlığa görə ona "Əsilzadə zadəgan" fəxri titulu verilib.

 

1920-ci ildə XI ordunun Bakını işğal etməsilə əlaqədar İrana mühacirət edən Mirzə Əbdülxalıq Axundov öncə Rəşt və Ərdəbildə, daha sonra Tehranda yaşayıb və həkimliklə məşğul olub. 1950-ci ildə Tehranda vəfat edib.